通風柜如何能提供好的保護能力，其主要因素還在于使用人員的正確操作。正確的操作及工作方式，將可以大幅降低污染物外泄之可能性，延長通風使用壽命。

實驗室通風與舒適性空調系統的通風設計要求不同，主要目的是提供安全的工作環境，減少人員暴露在危險空氣下的可能。通風主要解決的是工作環境對實驗人員的身體健康和勞動保護問題。

當通風柜內開始產生污染物質時，操作人員必須慢慢地接近或離開通風柜，因為快速的移動將會造成靠近通風柜前開口處的氣流發生擾動，而帶出柜內之污染物質；

實驗室通風柜要求新風全部來自室外，然后100%排出，通風柜的排氣不在室內循環?；瘜W實驗室換氣 要求每小時大于10次，物理實驗室每小時大于8次，實驗室無人時換氣可減少為3-5次。實驗室通風柜設計數量要充足，并且不作為室內排風裝置，儀器室或產生危險物質的儀器上方必須設置局部排風系統-排風罩。

實驗室的補風一部分來自空調系統直接送入實驗室的新風，這部分新風根據實驗室排風量的變化而變化；另一部分通過空調系統送入非實驗室區域的走道、房間再通過實驗室的門窗補給。實驗室的負壓通過送、排風風量和送排風口的布置來實現，氣流組織從辦公、管理用房、內走道、到產生危險物質的實驗房間。通風柜的位置布置在遠離空氣流動、紊流大的地方，遠離行走區域和空氣新風區。新風從遠離通風柜的一端引入，空氣流動路徑必須遠離通風柜。